D-Tübingen | CeGaT, ein weltweiter Anbieter von Sequenzierdienstleistungen und genetischen Analysen für die Diagnostik und Forschung, erweitert das Produktportfolio im Bereich Research and Pharma Solutions um Whole Genome Methylation Sequencing. Mit Metyhlation Sequencing können Methylierungsmuster im Genom entdeckt werden: Die DNA Methylierung ist eine bedeutende epigenetische Modifizierung und kann einen grundlegenden Einfluss auf die Genexpression oder Zelldifferenzierung haben.
Mittels enzym-basierter Konvertierung unmethylierter Cytosine erstellt CeGaT hochwertige Libraries und Sequenzierdaten. Damit ist bei der Identifizierung von 5-Methylcytosin (5-mC) und 5-Hydroxymethylcytosin (5-hmC) eine hervorragende Sensitivität gewährleistet. Die DNA-Methylierung ist eine der am meisten untersuchten epigenetischen Veränderungen. Ohne dass die DNA-Sequenz selbst verändert wird, reguliert die DNA-Methylierung die Aktivität und Funktion von Genen. Bei der Methylierung übertragen Methyltransferasen eine Methylgruppe auf das fünfte Kohlenstoffatom von Cytosin, wodurch 5-mC und 5-hmC gebildet werden. In Säugetieren treten Methylierungen häufig in CpG-Dinukleotiden auf, in anderen Organismen auch im CHH- oder CHG-Kontext.
Schonendes und sensitives Verfahren garantiert herausragende Datenqualität
Veränderungen der DNA-Methylierung werden unter anderem mit Tumorentwicklungen, Stoffwechselerkrankungen sowie neurologischen und neurodegenerativen Veränderungen in Verbindung gebracht. Um die Methylierungsmuster zu detektieren, werden unmethylierte Cytosine während der Library-Herstellung in Uracil konvertiert und können so von methylierten oder hydroxymethylierten Cytosinen unterschieden werden. Für diese Konvertierung wendet CeGaT eine enzymatische Methode (EM-seq™) an. Verglichen mit der gängigen Konvertierung mittels Bisulfit, die oft in einer Schädigung der DNA resultiert, ist die enzymatische Methode wesentlich schonender und die erzeugte Datenqualität deutlich besser.
Umfassender Service für vielfältige Anwendungsbereiche
Methylierungsanalysen werden beispielsweise im Rahmen der Untersuchung potenzieller Biomarker oder epigenetisch assoziierter Erkrankungen eingesetzt. Ebenso können sie wertvolle Einblicke in Methylierungsprofile von Zellen oder Geweben liefern.
CeGaT legt größten Wert auf vollumfänglichen Service, daher umfasst Whole Genome Methylation Sequencing:
• ein genomweites Profil (hydroxy) methylierter Cytosine inklusive Regionen mit geringer CpG-Dichte
• die Erfassung des globalen DNA-Methylierungslevels
• Information über die Konversionsrate jeder Probe, generiert durch Analyse einer Positiv- (pUC19) und Negativkontrolle (lambda phage)
(Quelle: Pressemitteilung der CeGaT GmbH, 07.04.2022)
